Расположен в северо-западной части Алтайских гор, в межгорной котловине в окружении невысоких вершин на высоте 270—305 м над уровнем моря, в месте слияния рек Улалушки и Маймы, которые впадают в реку Катунь примерно в 250 километрах к северу от горы Белухи, высшей точки Алтая и Сибири.

Расстояние от Горно-Алтайска до Москвы 3641 км, до ближайшей железнодорожной станции Бийск Западно-Сибирской железной дороги 100 км.